Se você ainda não sabe como trabalhar packages em Java, aqui demonstro um exemplo bem fácil em como fazer essa estrutura. Logo no final disponibilizo os fontes para download.

A estrutura dos arquivos demonstrados estão da seguinte forma:

|Pasta1
|-ClasseSub.java
|Principal.java

O que isso quer dizer? Que na pasta principal está o arquivo Principal.java e o diretório Pasta1 (que será nossa package). Dentro de Pasta1 contém a classe ClasseSub.java. Uma package não passa de uma pasta física em seu HD, vamos dizer assim.

Salvo o código abaixo como Principal.java dentro de uma pasta qualquer:

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import Pasta1.*;
 
  public class Principal{
 
    public static void main(String args[]){
    ClasseSub char1 = new ClasseSub("Daniel");
    String resNome = char1.getNome();
    System.out.println ("Nome: " + resNome);
  }
}

O mais importante aqui é você reparar na linha 1, importamos todo o conteúdo (*) da package Pasta1 para nosso projeto. Agora podemos utilizar qualquer classe que esteja lá dentro.

Agora, o código da classe interna, ClasseSub.java, salve dentro da package Pasta1:

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package Pasta1;
 
public class ClasseSub {
 
  private String charNome;
 
  // CONSTRUTORES		
  public ClasseSub(){
    charNome = "Sem Nome";
  }
 
  public ClasseSub(String nome){
    charNome = nome;
  }
  // FIM CONSTRUTORES		
 
  public String getNome(){
    return charNome;
  }
}

A única regra diferente de uma classe normal é a definição de package na linha 1. A classe ClasseSub precisa conhecer onde ela está localizada, por isso da definição. Compile tudo e arquivos .class serão gerados. Agora é só testar seu funcionamento. Simples e rápido, não?

Faça download dos arquivos fonte.